Se seu boleto continua aparecendo como "Em aberto" mesmo após o pagamento, não se preocupe. A compensação pode levar até 3 dias úteis para acontecer e, depois disso, o status pode demorar até 24 horas para ser atualizado no Assistente de Pagamentos.
Você pode entrar em contato com o emissor do boleto para informar o pagamento, já que a baixa é de responsabilidade dele.