Sim! Na criação, você pode configurar desconto para pagamentos até o vencimento, além de multa (valor ou percentual) e de juros (percentual ao mês) diariamente em caso de atraso. Essas regras valem para todos os boletos da recorrência.
Se quiser mudar alguma condição depois que os boletos já foram criados, será preciso cancelar a recorrência atual e criar uma nova.
Importante: ao configurar multa, juros ou desconto, essas condições valem automaticamente para todos os boletos daquela recorrência.